Pengajian anak-anak di Yogyakarta mulai dirintis pada tahun 1953 dengan didirikannya Persatuan Pengajian Anak-Anak Kotagede dan Sekitarnya (PPKS). Selanjutnya diikuti pada tahun 1963 didirikan Badan Koordinasi Pengajian Anak-Anak(BAKOPA). Tujuan BAKOPA pada dasarnya sama dengan PPKS, hanya ruang lingkupnya lebih luas, yakni meliputi seluruh wilayah Kota Yogyakarta, bahkan banyak berdiri cabang-cabangnya di luar DIY.
Pada tahun 1983, diadakan pertemuan para aktifis pengajian anak-anak Kotagedhe dan sekitarnya untuk membicarakan problematika pengajian anak-anak yang dirasakan sejak tahun 1970-an dalam keadaan yang tidak stabil, bahkan tidak sedikit yang macet. Hasil dari pertemuan tersebut adalah terbentuknya Tim Pembina Pengjian Anak-Anak yang pada awalnya bergerak di Kotagedhe. Setelah melalui beberapa penelitian dan pengamatan yang dilakukan oleh tim, maka tim kemudian mengambil sebuauh kesimpulan : dibutuhkannya sebuah bentuk baru dari sistem dan metode pengajaran membaca Al Quran, yang bisa dijadikan terobosan untuk mengatasi problemm yang terjadi. Sehingga tepatnya pada tanggal 16 Maret 1988, didirikanlah TKA (Taman Kanak-kanak Al Quran). Dengan didirikannya TKA ini, proses pembelajaran baca tulis Al Quran semakin memberikan hasil yang lebih baik. Maka untuk menindak lanjuti hal tersebut, didirikanlah Taman Pendidikan Al Quran(TPA) yang menampung para lulusan dari TKA.
Dari tahun ke tahun TKA-TPA terus mengalami peningkatan di berbagai daerah sampai hampir setiap masjid memiliki TKA-TPA. Hal ini tentulah merupakan satu berita yang sangat menggembirakan bagi kalangan aktifis TKA-TPA. Namum di sisi yang lain, ada sebuah beban yang sangat berat yang harus diemban oleh para aktifis TKA-TPA. Beban ini adalah masalah bagaimana harus menangani, mengkoordinir, dan mengelola TKA-TPA yang tersebar tersebut. Karena bagi pengelola, jangan sampai cepat dalam mendirikan, cepat pula menghilangnya.
Dari sebuah musyawarah bersama yang dilakukan oleh para aktifis TKA-TPA, diambillah sebuah keputusan untuk membentuk suatu wadah sebagai wahana untuk berkoordinasi, berkomunikasi, bekerjasama dan melakukan pembinaan terhadap TKA-TPA yang saat ini lebih dikenal sebagai Badan Koordinasi (BadKo) TKA-TPA. Lebih tepatnya, BadKo didirikan pada tanggal 28 Oktober 1990.
Begitupun dengan Kecamatan Kraton. Melihat perkembangan TKA-TPA di Kecamatan Kraton yang semakin hari semakin bertambah, timbul keinginan dari pengelola TKA-TPA Kecamatan Kraton untuk membentuk wadah tersebut. Maka terbentuklah Badan Koordinasi TKA-TPA Rayon Kraton pada sekitar tahun 1997. Ketua Umum pertama dari Badan Koordinasi TKA-TPA Rayon Kraton pada waktu itu adalah Bapak Sugeng. Secara ringkas, perjalanan Badan Koordinasi TKA-TPA Rayon Kraton adalah sebagai berikut :
- Periode tahun 1997 – 2000 : di bawah kepemimpinan Ustadz Sugeng
- Periode tahun 2000 – 2006 : di bawah kepemimpinan Ustadz Nasrudin
- Periode tahun 2006 – 2009 : di bawah kepemimpinan Ustadz Fredy Haryanto
- Periode tahun 2009 – 2012 : di bawah kepemimpinan Ustadz Septa Rismanto
